Подобно на “Хари Потър”, сюжетът се фокусира отново върху преживяванията на магьосници и вещици. Един от основните герои в историята е мистериозният Нют Скамандър, който - преди да се присъедини към “Министерството на магиите“ - е преминал успешно обучението си в “Хогуортс”. Самият Хари Потър и приятелите няма да се появят, тъй като действието се развива седем десетилетия преди случките в “Хари Потър и философският камък”.
„Фантастични животни и къде да ги намерим” ни отвежда през 1926 година, когато Нют Скамандър (Еди Редмейн) тъкмо е приключил пътешествие, предприето с цел да бъдат документирани съществуващите изключителни магични създания. Пристигайки в Ню Йорк за кратко, Нют претърпява инцидент, свързан с един „No-Maj” (американското название за мъгъл) на име Джейкъб. От магическия куфар на Нют се изплъзват няколко фантастични животни, които могат да предизвикат смут и в света на магията, и в реалността на „No-Maj”-овете…